Музей истории Институтa экспериментальной медицины – это выставочный комплекс, включающий несколько исторических зданий. В основной экспозиции представлены документы, личные вещи, награды, фотографии известных ученых, работавших в институте, а также произведения живописи и скульптуры, увековечивающие их. Здесь также действуют мемориальные кабинеты И.П. Павлова, С.В. Аничковa, К.М. Быкова.
Важную часть музейной коллекции составляют инструменты и оборудование, которое использовалось в экспериментах, часть из них представлена в подлинниках, часть – в виде макетов. В экспозицию Музея истории Институтa экспериментальной медицины входит «башня молчания», в которой демонстрируется камера для опытов над собаками. Как дань большому вкладу этих животных в развитие медицины во дворе музея создан фонтан-памятник собаке. Еще одна мобильная выставка рассказывает о деятельности так называемого «чумного форта» (сам форт находится в устье Невы).
